苏州医工所具有硕士、博士研究生招生、培养资格。自2016年起，苏州医工所教育归口单位由中国科学院大学变更为中国科学技术大学（简称“中国科大”）。2020年4月苏州医工所与中国科大联合成立中国科大生物医学工程学院（苏州），代码174，录取的研究生取得中国科大学籍，并颁发中国科大毕业证和学位证。研究生在学期间的日常管理和论文工作在苏州医工所进行。
研究所秉持“科教融合”的教育理念，采用两段式培养模式，培养了一批生物医学工程领域的高层次人才。研究所现设有生物医学工程学术型博士培养点，光学工程、生物学、生物医学工程3个学术型硕士培养点；以及机械、电子信息、生物与医药3个工程领域，招收培养工程博士和工程硕士。截至2026年9月，中国科学院苏州生物医学工程技术研究所现有博士生导师62人，硕士生导师93人。其中，国家重大人才工程项目13人，国家重大／重点项目首席科学家38人，中国科学院重大人才工程项目26人，江苏省双创人才25人，江苏省双创团队6个。
研究所在学研究生614人，近五年共有49人获得国家奖学金，10人获得中国科学院院长优秀奖，12人获得上海分院“中银－科苑优秀学子”奖，19人获得安徽省优秀毕业生称号，68人获得中国科大优秀毕业生称号，3人获中国科大优秀博士学位论文，9人获得科教融合优秀研究生奖，14名导师获得科教融合优秀导师奖，40人被颁发科灵学子奖，20余人赴国外高水平大学或科研机构从事研究工作或攻读博士学位。毕业生除部分择优留所外，就业去向包括知名企业（华为、中兴、联影、迈瑞等）、高校（清华、中科大、浙江大学等）、选调生及境外深造。
研究所为研究生提供一流的实验条件和先进的仪器设备，近年来承担国家、中国科学院及省市各类科技项目、企业委托项目1300余项，科研经费总额20亿元，累计授权专利近1500项，其中发明专利700余项；发表高水平研究论文1400余篇。同时为研究生提供丰厚的助研津贴及舒适的住宿条件，周边环境优美、配套齐全、生活便利。
