苏州医工所具有硕士、博士研究生招生、培养资格。自2016年起，苏州医工所教育归口单位由中国科学院大学变更为中国科学技术大学（简称“中国科大”）。2020年4月苏州医工所与中国科大联合成立中国科大生物医学工程学院（苏州），录取的研究生取得中国科大学籍，并颁发中国科大毕业证和学位证。研究生在学期间的日常管理和论文工作在苏州医工所进行。
研究所秉持“科教融合”的教育理念，采用两段式培养模式，培养了一批生物医学工程领域的高层次人才。研究所现设有生物医学工程一级学科博士培养点，光学工程、生物学、生物医学工程、机械电子工程4个学术型硕士培养点，以及机械、电子信息2个工程博士培养领域和机械、电子信息、生物与医药3个工程硕士培养领域。现有博士生导师54人，硕士生导师99人，其中，国家重大人才工程项目13人，中科院重大人才工程项目23人，江苏省双创人才24人，另有外聘知名医院、高校、科研院所等兼职博士生导师42人。
研究所在学研究生594人，近五年共有30人获得国家奖学金，9人获得中科院院长优秀奖，2人获南京分院院长特别奖学金，7人获南京分院院长优秀奖学金，14人获南京分院院长伍宜孙奖学金，20余人赴国外高水平大学或科研机构从事研究工作或攻读博士学位。毕业生除部分择优留所外，就业去向包括知名企业（华为、中兴、联影、迈瑞等）、高校（清华、中科大、浙江大学等）及境外深造。
研究所为研究生提供一流的实验条件和先进的仪器设备，近年来承担国家、中科院及省市各类科技项目、军工项目、企业委托项目1300余项，科研经费总额20亿元，累计授权专利近1500项，其中发明专利700余项；发表高水平研究论文1400篇。同时为研究生提供丰厚的助研津贴及舒适的住宿条件，周边环境优美、配套齐全、生活便利。
