苏州医工所所标外观轮廓为圆形，内外环图案颜色为蓝色，文字和环内空白为白色，和中国科学院的logo基调一致，表示苏州医工所是中科院序列的研究所。
外环文字“中国科学院苏州生物医学工程技术研究所”为时任中科院院长路甬祥所题，下为英文简称。
圆形内部为两个S，呈现了苏州园林窗花及四叶草的形态图案，而S也是“苏州”的拼音首字母，代表了研究所地处苏州。
两个S也表示“Science”（科学）和“Sanative”（有益健康），表示研究所建所宗旨是“创新生物医学工程，服务人民健康幸福”，也表示研究所践行“科技创新和成果转化机制创新”双轮驱动的发展模式。
两个S互相缠绕，象征了DNA双螺旋结构，代表着研究所是面向生物医学的重大需求，开展医学仪器、试剂和生物材料等方面的研究工作。
整个标志象征研究所生生不息，创新无限，发展前景广阔。
